Στο υπερηχογράφημα Β' Επιπέδου εξετάζουμε αναλυτικά το έμβρυο προς αποκλεισμό δομικών ανωμαλιών που περιλαμβάνονται ή όχι στα πλαίσια ενός γενετικού συνδρόμου. Συγκεκριμένα, ανάμεσα σε αυτά που εξετάζουμε περιλαμβάνονται το κρανίο, η ανατομία του αναπτυσσόμενου εγκεφάλου, τα οστά και όργανα του προσώπου, ο θώρακας, οι πνεύμονες, η καρδιά και τα μεγάλα αγγεία του σώματος, το γαστρεντερικό σύστημα, το διάφραγμα, το ουρογεννητικό σύστημα, τα άκρα και τα δάχτυλα του σώματος, η σπονδυλική στήλη, τα μακριά οστά και το κοιλιακό τοίχωμα. Το φύλο του εμβρύου ελέγχεται πάντα και αποκαλύπτεται ανάλογα με την επιθυμία του ζευγαριού.
Επίσης, αξιολογείται η θέση και σύσταση του πλακούντα και η ποσότητα του αμνιακού υγρού. Υπολογίζονται το βάρος και η βιομετρία του εμβρύου και εξετάζεται η ύπαρξη ή μη ¨δεικτών¨ του δευτέρου τριμήνου που αυξάνουν το ρίσκο για το σύνδρομο Down.
Εκτιμάται ακόμα η ροή του αίματος στις μητριαίες αρτηρίες (Dopplers) αξιολογώντας έτσι τη λειτουργία του πλακούντα. Τέλος, υπολογίζεται η πιθανότητα για εκδήλωση προεκλαμψίας.